Gli organi della Fondazione sono disciplinati agli articoli 16, 17, 18, 19, 21, 22, 23, 24, 25 dello Statuto.
Gli organi istituzionali sono:
Assemblea dei partecipanti
costituita da n. 43 soci tra fondatori e partecipanti
Presidente della Fondazione
- Enrico Corti
Consiglio di Amministrazione
- Enrico Corti (Presidente della Fondazione, legale rappresentante)
- Flavio Antelmi (Consigliere)
- Gian Mario Ampollini (Vice Presidente)
- Pieranna Massari (Consigliere)
- Stefania Mazza (Consigliere)
Organo di controllo
- Angela Opizzi
Collegio dei Probi Viri
- Gabriella Cagnani
- Piero Delledonne
- Daniela Scrollavezza
Comitato Tecnico Consultivo
- Valeria Menta (Coordinatore)